De organisatiestructuur binnen Acantus is zo eenvoudig mogelijk gehouden. Een transparante organisatie waar met korte lijnen en informeel wordt gecommuniceerd.
Acantus bestaat uit de afdelingen Wonen, Vastgoed en Vastgoedsturing & Bedrijfsvoering met ieder een eigen manager. De managers worden aangestuurd door de Bestuurder, die weer verantwoording aflegt aan een onafhankelijke Raad van Commissarissen (RvC).